هفته نامه خبری تحلیل پنجره در شماره 99 خود که در تاریخ 25 تیرماه سال 90 به چاپ رسیده است، مقاله ای از حجت الاسلام و المسلمین میرباقری با عنوان «شکاف ایدئولوژیک و تعارف جام زهر» منتشر کرده است. در واقع در این مجلد از نشریه پنجره، پرونده ای درباره جریان قطعنامه 598 باز کرده است و از صاحب نظران درباره این پدیده مطالبی را درج کرده است. مقاله ای که از ایشان به چاپ رسیده است حاصل مصاحبه ای است که با ایشان انجام شده است و توسط دوستان ما در دفتر فرهنگستان علوم اسلامی تهیه و تنظیم شده است.

بیان: در این مقاله ایشان پذيرش قطعنامه 598 و پايان جنگ را از منظر بررسي جايگاه تاريخي انقلاب اسلامي مورد تحليل قرار مي ­دهند. و در واقع بر اين باورند که آن جريان فکري و سياسي که هم ­نشيني اسلام و غرب را ممکن مي ­داند و بازگشت ايران به آغوش جامعه جهاني را دنبال مي­ کند، زمينه ­ساز نوشيدن جام زهر توسط امام(ره) شد. از اين منظر، اختلاف ايدئولوژيک و سياسي امروز ايران اسلامي هم، امتداد و بلوغ همان شکاف فکري است که در واقعه پايان جنگ خود را نشان داده است.

در توضیح ابتدایی این مقاله اینگونه توضیح داده شده که: «مسأله پایان جنگ تحمیلی از آنجایی که در تعبیر حضرت امام(ره) به جام زهر تعبیر شد، یکی از چالشی ترین مطالعات تاریخ معاصر است. از طرفی به علت اینکه این واقعه یک واقعه نظامی بوده است و عادتا اطلاعات نظامی جزو طبقه بندی شده ترین اطلاعات کشورها هستند، بنظر می رسد حجم اطلاعات زیادی نیز برای تحقیق و مطالعه در اختیار نیست. حجت الاسلام  و المسلمین میرباقری که با تحلیل مسائل فرهنگی و اجتماعی در مجامع حوزوی و دانشگاهی شناخته می شود، قائل است که باید در لایه نخبگان و حلقه های مدیریتی کشور به دنبال جریان های فکری باشیم که باعث پایان نامناسب جنگ از منظر امام خمینی(ره) شدند. به نظر ایشان جریان هایی مثل نهضت آزادی و ملی مذهبی ها از گردونه نظام خارج شده بودند و نمی توانستند به نحوی اثرگذار باشند که تقصیر را بر گردن آنها بگذاریم. باید به دنبال جریان های فکری باشیم که در آن زمان بدنبال کنار آمدن با غرب بودند و ادامه تعارض انقلاب اسلامی و جبهه مقابل را لازم نمی دانستند. ایشان در حال حاضر همراه با مسئولیت دفتر فرهنگستان علوم اسلامی در قم، به تدریس درس خارج فقه و اصول در حوزه و انجام پژوهش های بنیادین در منطق، فلسفه، روش علوم و معارف اسلامی اشتغال  دارند.» متن کامل مقاله در فایل همراه، پیوست شده است.